הנציבות לביקורת על הפרקליטות בודקת האם שי ניצן עדכן את המפכ"ל דנינו כי שמו מופיע בחקירה סמויה, כך פרסם הערב יהושע בריינר ב"הארץ".
מספר עדויות הגיעו לנציב תלונות הציבור, דוד רוזן, לפיהם פרקליט המדינה הקודם סיפר ב-2015 למפכ"ל דאז, יוחנן דנינו, כי שמו עלה בחקירה סמויה וכי הוא הוקלט על ידי אחד המעורבים בחקירה אחרת. במח"ש סברו כי בכך סיכל את האפשרות לבדוק את מעורבותו באותה החקירה.
באותה שנה ביצעה מח"ש חקירה לגבי מעורב בתיק ובמהלך החקירה שמו של דנינו וקצין בכיר אחר במשטרה עלה כמי שעשוי להיקשר לעבירה של הפרת אמונים. במח"ש סברו כי חשדות אלו עלו לרמה שדורשת בדיקה. כנגד שני המעורבים האחרים נפתח הליך משמעותי, ולאחרונה המשטרה החליטה לחזור בה.
בעקבות כך, באמצע אותה שנה ניצן קיים בלשכתו דיון בהשתתפות בכירים בפרקליטות שם הציגו אנשי מח"ש את ממצאי החקירה שהייתה עודנה סמויה. תוך כדי כך התקשר ניצן לדנינו ועדכן אותו כי החליט למנות קצין בודק בעניינו של הקצין הבכיר ששמו עלה. אך ניצן לא הסתפק בכך והוסיף כי "גם השם שלך עלה", ובכך סיכל את המשך החקירה בעניינו. באותה ישיבה הורה ניצן להכניס את הממצאים לכספת ולמעשה להפסיק לחקור את החשדות כנגד המפכ"ל.
הנוכחים בפגישה העידו בפני רוזן כי התנהגות זו הפתיעה אותם והביאה לסיכול כל אפשרות בדיקה נגד דנינו. "זה מעשה שלא יעשה", נכתב ב"הארץ" בשם אחד המעורבים בעניין. "הוא גמר את הסיפור".
חצי שנה לאחר מכן שמו של דנינו עלה שוב בפרשה אחרת, דבר שחייב גביית עדות מדנינו. העדויות שהגיעו לידי הנציבות מראות כי ניצן הורה לבכירי מח"ש לומר מראש לדנינו כי קיימת הקלטה שלו משוחח עם אחד המעורבים בתיק. אותם בכירים מסרו כי הדבר לא סביר, כאדם שעומד למסור את גרסתו יתודרך לפני וכי "רצו לשמור על דנינו".
