לאחר מחדל הטיסות, משרד הביטחון תופס פיקוד: בתום שיחת שהתקיימה בין ראש הממשלה בנימין נתניהו, שר הביטחון נפתלי בנט, שר התחבורה בצלאל סמוטריץ', שר הפנים אריה דרעי, ראש המועצה לביטחון לאומי מאיר בן שבת, מנכ"ל משרד הבריאות משה בר סימן טוב וגורמים נוספים, החליט הערב (שבת) נתניהו להעביר את האחריות הכוללת לניהול סוגיית הישראלים החוזרים מחו"ל לידי משרד הביטחון.
בעקבות החלטה זו, משרד הביטחון ייטול לידיו את האחריות לפרויקט באופן מידי. עוד הוחלט במהלך השיחה, כי כלל החוזרים מחו"ל יועברו לבידוד במלוניות למשך 14 יום. בשעות הקרובות יועברו לאישור השרים תקנות לשעת חירום אשר יאפשרו את מימוש ההחלטה.
נחתו מניו יורק - והמשיכו במוניות
כזכור, הבוקר נחתה בישראל טיסה של חברת "יונייטד איירליינס" מניו יורק, ונוסעיה נכנסו לארץ מבלי שהועברו לבידוד מפוקח במלוניות. מקרה דומה התרחש גם לפני יומיים, בשני המקרים מכיוון שאין תחבורה ציבורית וכל אזרחי המדינה נמצאים בסגר, לרשות הנוחתים מאותה טיסה עמדה אפשרות אחת בלבד להגיע לבתים והיא לעלות על מוניות וזאת בניגוד להנחיות להעביר כל מי שנוחת בארץ למלוניות.

שתי הטיסות הגיעו מניו יורק, אחד המוקדים הגדולים בעולם של התפרצות הקורונה נכון להיום. לפי הדיווחים, בין אזורי ההתפרצות המשמעותיים ביותר בניו יורק הם רובעים בהם מתגוררים לא מעט יהודים.
בעקבות שורת מקרים אלה החליט נתניהו על עצירת כל טיסות הנוסעים הנכנסות עד להסדרת נושא העברת הנוסעים לבידוד במלוניות עם נחיתתם על ידי חיילי פיקוד העורף – מה שנעשה הערב.