בצה"ל לא הופתעו מהחלטת בית הדין הבינלאומי בהאג בעניין סמכותו לחקור את ישראל בגין פשעי מלחמה, והחלו להיערך לכך כבר לפני כמה חודשים. הפרויקטור הצה"לי לטובת העניין הוא אלוף איתי וירוב, המשמש מפקד המכללות הצבאיות, ונוסף על תפקידו, אחראי גם לסוגיית התחקור המבצעי בצה"ל וללגיטימציה.
תחת אלוף וירוב הוקם צוות בראשות משפטן המומחה בדין בינלאומי, שאמור להיערך להתמודדות עם החלטת בית הדין. לצה"ל כבר יש תוכניות מגירה בנושא החלטת בית הדין, אך בצבא מעדיפים לא להיות בחזית ההתמודדות עם ההחלטה.
בעקבות החלטת בית הדין, בדרג המדיני, במשרד החוץ ובצה"ל החלו ללמוד את ההחלטה ולבחון אפשרויות שונות לתגובה. נכון לאמש, הנספחים הצבאיים של צה"ל בחו"ל, וגם נציגי צה"ל נוספים הנמצאים בימים אלה בחו"ל, טרם תודרכו באשר להשפעת המהלך עליהם, אם בכלל, ובאשר למסרים שהם נדרשים להעביר אם יישאלו בנושא.
בתוך כך, גם במשרד המשפטים נערכים למאבק בהחלטת בית הדין בהאג לאשרר לתובעת לפתוח בחקירה פלילית, אם תמצא לנכון, בגבולות יהודה שומרון, עזה ומזרח ירושלים.
במשרד המשפטים מציינים שמדובר בהחלטה עקרונית בעניין סמכות בית הדין, אך קיימת עוד דרך ארוכה שהתובעת צריכה לעשות בקידום החלטות חקירה. "מבחינתנו, ההחלטה שגויה משפטית מהיסוד, והיא חורגת מהמנדט של בית הדין והרסנית עבורו. ההחלטה מסכנת את ההזדמנות הנדירה באזור על בסיס הסכמי אברהם ואת התיאום הביטחוני עם הפלשתינים, ובמקום לקרב בין הצדדים היא מקטבת בין הצדדים", אומרים הגורמים ומזכירים כי שמונה מדינות חברות בבית הדין הגישו עמדות רשמיות ואמרו לו שאין לו הסמכות להתערב בעניין זה משפטית.