האם צה"ל תורם את מיטב כוחו למאמץ החקירות האפידמיולוגיות? בכיר במערת הבריאות מעריך כי מערך החקירות הצבאי במפקדת "אלון" פועל באופן "מינורי" ועורך רק כ־10 אחוזים מכלל החקירות האפדימיולוגיות בישראל.
כמו כן, לנוכח ממוצע של כ־4,000 נדבקים ביום, רק בסוף השבוע שעבר החל המערך לעבוד בשישי־שבת, ועד לסוף השבוע האחרון לא בוצעו כלל חקירות בסופי שבוע במסגרת הצבא.
"המערך עובד בפיקוח אחיות של משרד הבריאות, ועד לפני שבועיים הם לא ביקשו בכלל שיגיעו אחיות", אומר בכיר במערכת הבריאות, "רק בחמישי האחרון הם ביקשו באופן פתאומי שיהיו אחיות בסוף השבוע, ואכן נשלחו אליהם אחיות". יצוין שהחלטת צה"ל לבקש נוכחות של אחיות בסופי השבוע הגיעה ימים ספורים לאחר פנייה שנעשתה אליהם בעניין מצד "ישראל היום".
"הם מציגים תמונה כאילו הם מבצעים 4,500 חקירות ביום, אבל הם עושים רק עשירית מהחקירות", הוסיף הבכיר, "מציגים הכל תחת הכובע הצבאי כאילו הם עושים את הכל". מנגד, בצה"ל טוענים שמערך החקירות הוא מערך משותף של חיילים ואנשי משרד הבריאות, ולכן הוויכוח על קרדיט הוא עקר. עוד נטען שבסופי השבוע מתבצעות חקירות בלשכות הבריאות של משרד הבריאות, וכי לאחרונה ביקשו בצה"ל להתחיל לבצע חקירות גם בסופי השבוע.
לפי נתוני משרד הבריאות, אלף החוקרים שהצבא טוען שפועלים במסגרת המערך של פיקוד העורף הם למעשה ברובם חוקרים של משרד הבריאות - 700 מתוך אלף העוסקים בחקירות אפידמיולוגיות הם אחיות ועובדי משרד הבריאות, בתגבור של סלקטורים ואנשים נוספים שעברו קורסים לחקירות. השאר, כ־300 במספר, הם חיילים.
בצה"ל טוענים שההסתכלות צריכה להיות הוליסטית ולא לפי הארגון שאליו משתייך החוקר, וכי למערך יצטרפו בקרוב גם כ־500 מתשאלים מהרשויות המקומיות ועוד 300 חיילים.
כך, למשל, ביום שני בשבוע שעבר עדכנו בדובר צה"ל שנערכו 3,490 חקירות ושהוכשרו 299 חיילים, ויום קודם נמסר שנעשו 6,137 חקירות אפידמיולוגיות ביממה. אך לטענת הגורם במשרד הבריאות, "מציגים הכל תחת הכובע הצבאי, בעוד רוב החקירות הן חקירות שמשרד הבריאות עושה".

פרופ' חגי לוין, יו"ר איגוד רופאי בריאות הציבור, התייחס למחסור בחקירות בסופי השבוע ואמר: "בחקירת מגעים כל עיכוב משמעו הדבקות נוספות. לכן חייבים לעבוד שבעה ימים בשבוע".
כזכור, מפקדת "אלון" לקטיעת שרשרות ההדבקה הוקמה בהנחיית משרד הבריאות והדרג המדיני מתוך כוונה לצמצם את שיעור הנדבקים היומי. במסגרת המפקדה פועל מרכז החקירות האפידמיולוגיות, שמטרתו לתגבר את מערך החקירות של משרד הבריאות. במרכז משרתים כ־300 עתודאים ומפקדות מבסיס מחו"ה אלון. כמו כן, מתבצעות הכשרות לנציגים מהרשויות המקומיות.
יצוין כי בשיקולים על קביעת מועד הסגר עלה הטיעון שבעת היציאה מהסגר עדיין לא יהיה מוקד צה"לי מתפקדמטרת מערך החקירות הוא לקצר את לוחות הזמנים לדגימות קורונה, לעבודת המעבדה, לחקירות האפידמיולוגיות ולבידוד החולים והמגעים.
במשרד הבריאות אישרו שהמערך של צה"ל לא פעל בסופי שבוע.