לאחר לבטים הוחלט כי הבידוד יתרחש במבנה שממוקם מחוץ לגדר בית החולים, לא רחוק מבסיסי צה"ל הסמוכים לתל השומר. המבנה שנבחר שימש למגורים של עובדי בית החולים. הוא מכיל כעשרים חדרים עם שירותים ומקלחת צמודים. חלקם יכולים לשמש זוגות וחלקם לבודדים. במקום ישנו מטבחון ומספר חללים מרכזיים, שבהם לא יתאפשר לנוסעים להתכנס.
למבנה ישנה חצר צמודה, שאליה יוכלו המבודדים לצאת, כאשר בכל פעם ייקראו יושבי חדר אחר לצאת החוצה. במבנה עצמו נשלמו העבודות לפינוי החדרים ולהתקנת מערכות לתקשורת בכל החדרים. כל חדר יצויד במכשירי ניטור. מתחת למזרונים יותקנו סנסורים למדידת דופק ונשימה בזמן השינה. שינויים במדדים אלו עשויים להיות סימן מנבא לפני עליית חום הגוף.
המתבודדים יצוידו במדי לחץ דם, מדי חום וגם ציוד שיאפשר להם לבצע לעצמם משטחי גרון. הבידוד תוכנן כך שלא יצריך כמעט מגע בין הנוסעים לצוות הרפואי, והתקשורת איתם תהיה באמצעות וידאו צ'אט עם רופאים ממסכי הטלוויזיה שבחדרם. הצ'אט יוכל להיות עם כל הנוסעים יחד או עם כל חדר בנפרד, ולנוסעים יוקרנו תכנים מתאימים וגם הדרכות הקשורות לטיפול בהם.
ד"ר גליה ברקאי מומחית למחלות זיהומיות ואחראית על רפואה וחדשנות בשיבא: "אנחנו משתדלים לאפשר לאזרחים בבידוד השגחה רפואית טובה ביותר לצד הקטנת חשיפה של צוות רפואי אליהם. אנו משתמשים בטכנולוגיות רפואיות מתקדמות כדי לקבל עליהם כמה שיותר מידע רפואי".
מחוץ למתחם תהיה אבטחה וייבנה חדר שישמש להתמגנות צוותים רפואיים לפני הכניסה. אחת ההערכות הן שהחוזרים מיפן עלולים לפתח מחלה בזמן הטיסה או בזמן הבידוד ולצורך כך ישנם חדרים נוספים מבודדים שבהם יוכלו לשהות החולים. בחדרים אלו ישנו גם רובוט שעליו מותקנת מצלמה ומסך שמאפשר לרופא לבדוק את החולים מרחוק. במקרה של סיבוך רפואי ניתן יהיה לתת את מלוא הטיפול, כולל הנשמה בבידוד.
מתקן הבידוד ממוקם כאמור באזור סמוך לבית החולים כשלידו עוד מספר מבנים אחד מהם משמש לשיקום וטיפול בנכי צה"ל שלא היו נלהבים לגלות מיהם השכנים החדשים שלהם. אבי קציני, נכה צה"ל שהיה במקום אמר: "מגיעים לכאן כל יום 150 נכי צה"ל. אנחנו צריכים עזרה להתמודד עם מה שקורה פה. אנחנו מודאגים. ההסברים שנותנים לנו לא משכנעים. אין לנו כלים להבין את גודל המקרה. משרד הביטחון אישר אך אנחנו עדיין בחששות"
פרופ' ארנון אפק: "נקיים מחר פגישה עם מומחים למחלות זיהומיות שיפיגו את כל חששותיכם. המרחק הוא גדול וגם תהיה פה הפרדה פיזית. חשוב לנו שתהיו רגועים".
פרופ' גילי רגב-יוחאי, מנהל היחידה למניעת זיהומים בשיבא: "מצאנו מתחם חיצוני מחוץ לגדר בית החולים. נהפוך אותו עד כמה שניתן בתנאים האלו לכפר נופש. אחד היתרונות שלו שהוא מבודד ובזמן שנותר נארגן אותו ונהפוך אותו למקום הכי מתראים לבודד אותם כנדרש וגם נהפוך אותו אם נצטרך למתקן רפואי. עם הגנה על הצוותים שלנו שיהיו בקשר מרוחק ומינימום מגע. שמנו דגש על מלונאות לצד טיפול רפואי".
בשיבא יצרו קשר עם בני המשפחות של הישראלים וביקשו מהם לארגן לקרוביהם ערכה שיכולה להכיל מצעים, אוכל, ספרים ופריטים אישיים שינעימו את זמנם בבידוד. כמו כן נציגי המשפחות הוזמנו לראות את המקום.