גוברת ההערכה כי בחקירת המשטרה בתיק 3000, פרשת הצוללת, מבססים הממצאים את החדשות נגד חמשת החשודים העיקריים בפרשה, כך פורסם הערב (רביעי) ב"חדשות 2". מדובר בדוד שמרון, יצחק מולכו, דוד שרן, אליעזר (צ'ייני) מרום ואבריאל בר יוסף. יש לציין שראש הממשלה בנימין נתניהו לא נמצא בין החשודים.
הממצאים שהתגבשו מתבססים על עדותו של מיקי גנור, שגויס כעד מדינה. ככל הנראה הוא צירף קלטות ומסמכים, ובידי החוקרים ישנן עדויות נוספות נגד החשודים. לפי ההערכות סיום החקירה יהיה בתוך חודשיים, אז יועברו החומרים לפרקליטות.
בתוך כך נחקר מולכו בתחילת החודש פעם נוספת בנושא. מדובר בחקירה שהחלה בשעות הבוקר עד השעה 22:00 בערב. הוא עזב את משרדי להב 433 רק לאחר שעבר במשך זמן מה על תמליל החקירה וחתם עליו.
בתגובה לדיווחים נמסר ממשטרת ישראל: "החקירה בפרשת 3000 עדיין מתנהלת ועדיין נעשות בה פעולות חקירה. בעת הזו היחידה החוקרת טרם הגיעה לשלב הסיכומים, ומאידך כל אמירה בגין המלצה להגשת כתבי אישום איננה רלוונטית. זאת מהסיבה הפשוטה שהמלצה על כתבי אישום הינה בסמכות בלעדית של הפרקליטות ולא של המשטרה. כמו בכל פרשה אחרת כאשר החקירה הפעילה תסתיים ובכפוף לסיכומי החקירה נודיע באם נמצאה או לא נמצאה תשתית ראייתית. כל פרסום אחר הינו על אחריות המפרסם בלבד".
כמו כן הרמטכ"ל לשעבר, בני גנץ, התייחס אמש לפרשה. הוא אמר כי "אני משוכנע, ממה שאני מכיר בדרג המדיני, שלא הייתה שחיתות בפרשה הזאת". על אף שאמר כי הוא סבור שהדרג המדיני פעל ממניעים ענייניים, גנץ לא ניקה את הדרג הצבאי מאחריות: "זה מאוד לא נעים לראות אנשים כמו צ'ייני נכנסים לחדר החקירות, אבל זה מה שצריך לעשות. אני רוצה להאמין שההחלטות היו ענייניות וחשובות. אם הפרשה נכונה היא החמורה בפרשות שאני מכיר, ואני מציע לקוות שהיא לא נכונה ולחכות להחלטות".