ללא קשר לתוצאות המשפט, פרשת אלאור אזריה לא תגיע היום לתחנתה הסופית, ולא רק משום שמעבר לסיבוב מחכים גזר הדין והערעורים של הצד המפסיד: הדי הפרשה שטילטלה את צה"ל בחודשים האחרונים צפויים ללוותו, וביתר שאת, גם בעתיד.
רוב הפרשנים והמומחים נוטים להעריך שאזריה יורשע היום בבית הדין בהריגה. הדברים שאמר לחבריו לפני הירי מספקים, לכאורה, את היסוד הנפשי לכך שפעל במכוון והיה מודע למעשיו. נדמה שגם שינוי הגירסה (לאחר התייעצות עם עורך דין), ועדותו - שבה הטיל את האשמה על מפקדיו הישירים והעקיפים - לא היטיבו עם מצבו המשפטי. גם העובדה שלמרות מאות מקרים של הרג פלשתינים, בהם גם חפים מפשע, רק חייל אחד הועמד לדין על הריגה, מעידה על חריגות המקרה ועל חומרתו.
על רקע הדברים האלה, זיכוי יהיה הפתעה מרעישה ברמה המשפטית ועוד יותר מכך - טלטלה ברמה הציבורית. משפט אזריה חרג מזמן מגדר הפלילים אל מחוזות הערכים: הרמטכ"ל, רא"ל גדי איזנקוט, בגיבויו של שר הביטחון הקודם משה (בוגי) יעלון ובתמיכתה של רוב הקצונה הבכירה בקבע ובמילואים, שם עליו את מלוא כובד משקלו המקצועי והערכי בקביעתו כי אזריה חרג מהנורמות המקצועיות המצופות מחיילי צה"ל כשירה במחבל מנוטרל. ניצחון של החייל (אזריה) על הרמטכ"ל (איזנקוט) יהיה לפיכך לא רק סטירת לחי משפטית לצבא ולמערכת התביעה הצבאית שלו, אלא מהלומה קשה לרמטכ"ל ולסמכותו הפיקודית.
במידה רבה, לכן, איזנקוט, ולא אזריה, הוא איש המפתח בפרשה הזאת. בניגוד לציפיות של רבים, לא היה בידיו לעצור את הרכבת המשפטית ו"לסגור עניינים" בדין משמעתי שיקל עם החייל, אבל עמדתו הנחרצת והבלתי מתפשרת הפכה אותו ממשקיף לשחקן בפועל, ומיצבה את המשפט ואת תוצאותיו בתור נקודת הציון החשובה ביותר בשנתיים הראשונות לכהונתו כרמטכ"ל. יותר מכל אירוע מבצעי, מכל מערכת נשק ומכל תוכנית עבודה, משפט אזריה יקרין על הקדנציה של איזנקוט ועל הצבא שהוא מבקש לעצב, ויכריע בשאלה הלכאורה־ברורה־מאליה בדבר מקור הסמכות בצבא.
סוגיית הסמכות הפיקודית, שעמדה בלב משפט אזריה גם על רקע הבלאגן בזירת הפיגוע בחברון והמעורבות (השערורייתית) של גורמים אזרחיים ובעלי אינטרסים במתן הנחיות במהלך האירוע, מאתגרת את הצבא בשנים האחרונות גם בהקשרים של מעורבות רבנים ביחידות הלוחמות, ענייני שילוב נשים ואירועים נוספים. אבל פרשת החייל היורה מחברון - בעיקר על רקע הקמפיין הבוטה של חברי כנסת, והתמיכה הגורפת שלה זוכה החייל בציבור - חידדה עד לקצה את השאלה מי מפקד על החיילים; על הרקע הזה, הכרעת הדין היום עתידה לא רק לחרוץ את גורלו של החייל, אלא גם להשליך על סמכותו של הרמטכ"ל.
בהקשר הזה, משקל מכריע יהיה לדברים שישמיעו אישי הציבור לאחר הכרעת הדין. את הדיבורים המוקדמים מדי של חברי כנסת על חנינה (התערבות בוטה בעצמאות מערכת המשפט) אפשר לתייג בעולמות הפופוליזם הפוליטי, אבל מה שיגידו ראש הממשלה ושר הביטחון ישפיע ישירות על מה שיקרה מייד לאחר שראשת ההרכב תאמר את דברה.
בצה"ל מצפים מראש הממשלה בנימין נתניהו ובעיקר משר הביטחון אביגדור ליברמן - שבראשית המשפט התייצב בבית הדין לצד החייל - לתת גב ברור ובלתי מסויג לא רק להכרעה המשפטית, אלא בעיקר למפקדים - מאיזנקוט ומטה. זה יקל על צה"ל וראשיו לא רק ברמה הציבורית, אלא בעיקר בבית פנימה, במשימה הלא פשוטה של הסברת הכרעת הדין לחיילים כחלק מחידוד הנורמות של המותר והאסור גם בתנאים הסבוכים של זירת פיגוע בחברון.