הרב הראשי לשעבר אליהו בקשי דורון הורשע בבית משפט המחוזי בירושלים במאות עבירות של קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, ניסיון לקבלת דבר במרמה, מתן תעודה כוזבת ועבירה של מרמה והפרת אמונים. גזר הדין יינתן במועד מאוחר יותר.
במהלך המשפט הרב ביקש כי יופסקו ההליכים המשפטיים נגדו בשל מצבו הבריאותי. בתחילת הדיון ניסו מקורביו של הרב לחסום מצלמי עיתונות לצלם את הרב, על אף שהדבר מותר על פי חוק והתעמתו עם הצלמים והמאבטחים. המאבטחים אף נאלצו להוציא מספר מקורבים מהדיון.
כזכור, בדצמבר 2012 הוגש כתב אישום נגד הרב בגין עבירות קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, ניסיון לקבלת דבר במרמה, הפרת אמונים ומתן תעודה כוזבת. זאת, בגין חלקו בפרשת "תיק הרבנים" במסגרתה חולקו תעודות הסמכה כוזבות לרבנות למאות אנשי כוחות הביטחון אשר באמצעותן קיבלו במרמה מיליוני שקלים כתוספות שכר.
החקירה הופסקה - וחודשה
לטענת הפרקליטות, הרב בקשי דורון, שכיהן באותה תקופה כרב הראשי הספרדי "הראשון לציון", ידע על כך שאנשי צבא ומשטרה אינם עומדים בקריטריונים לקבלת ההסמכה, אולם הורה בכל זאת להנפיק להם תעודות. בארבע השנים האחרונות לכהונתו הוקמו ברחבי הארץ כיתות לימוד פרטיות בשכר עבור אנשי כוחות הביטחון שמטרתן הייתה לאפשר למשתתפים בהן לקבל תעודת הסמכה לרבנות, שתזכה אותם בהטבות שכר שנעו בין 2,000 ל-4,000 שקלים בחודש. בראש המוסדות עמדו במרבית המקרים רבנים בעלי שם ובעלי תפקידים במערך הרבנות.
בנובמבר 2007 הגישה הפרקליטות כתב אישום נגד עשרה נאשמים, בהם מנהל מחלקת הבחינות ברבנות הראשית, בשל הטענה כי הגישו עבור התלמידים מסמכים כוזבים שנמסרו לרבנות הראשית ולכוחות הביטחון. זאת, על מנת ליצור מצב כוזב לפיו התלמידים הללו הוסמכו לרבנות. בקשי דורון נחקר בשעתו בפרשה, אולם הוחלט שלא להגיש נגדו כתב אישום. בהמשך הוא העיד במסגרת התיק שמתנהל נגד הנאשמים האחרים ומסר גרסה שונה מזו שמסר במשטרה.
בעדותו הוא סיפר ש"הנחה את מנהל מחלקת הבחינות ברבנות הראשית להנפיק את התעודות בניגוד לקריטריונים להוצאתן". בעקבות זאת, חודשה החקירה נגדו והוחלט בסופו של דבר להגיש נגדו כתב אישום. על פי כתב האישום, שהוגש באמצעות עורכי הדין ארז פדן ושירה קני-טל, בקשי דורון הורה למנהל מחלקת הבחינות הרב יצחק אוחנה שהיה כפוף לו להעלים עין מהעובדה שהמסמכים שהוגשו לרבנות הראשית כוזבים ו"לסגור את העניין" בכך שיעניק את תעודות ההסמכה, זאת ביודעו שאותן תעודות יסייעו לתלמידים להוציא במרמה הטבות שכר מהמדינה. לטענת הפרקליטות הנזק לקופת המדינה ממעשים אלה נאמד במאות מיליוני שקלים.