לאחר כשנה ו-8 חודשים, הושלמה החקירה בתיק 3000, המכונה פרשת הצוללות – כך דווח הערב (שני) במהדורה המרכזית של חברת החדשות.
עם סיום החקירה, חוקרי להב 433 העבירו לפרקליטות רשימה של כל החשודים בפרשה, עם המלצות לכתבי אישום נגד החשודים העיקריים. בין החשודים לגביהם התגבשה תשתית ראייתית להעמידם לדין: פרקליטו של ראש הממשלה עו"ד דוד שמרון, ממלא מקום ראש המל"ל לשעבר אבריאל בר יוסף, מפקד חיל הים לשעבר אלוף במיל' אליעזר צייני מרום, וראש הסגל ומנהל לשכת ראש הממשלה לשעבר דוד שרן.
מי שהצליח לחמוק מרשימת החשודים בפרשה, הוא עו"ד יצחק מולכו, יועצו הבכיר של ראש הממשלה נתניהו.
עו"ד מולכו ושותפו המקצועי עו"ד דוד שמרון, מקורבו ובן דודו של נתניהו, נחקרו בשנה שעברה מספר פעמים. לפי החשד, מולכו פעל לקידום עסקת הצוללות עם גרמניה במסגרת שליחויות מדיניות, בעוד ששותפו למשרד עו"ד שמרון ייצג בישראל את נציג המספנה הגרמנית תיסנקרופ.
שמרון נחקר מספר פעמים בתקופה האחרונה בנוגע למעורבותו בתיק 3,000, כשהחשד העיקרי הוא הטיית מכרזים הקשורים לרכש צוללות וספינות מחברת "טיסנקרופ" הגרמנית, קבלת שוחד וניגוד עניינים.
במהלך החקירה נאספו בידי חוקרי להב 433 אלפי מסמכים, הקלטות ועדויות, בראשן עדותו של עד המדינה מיקי גנור, החשוד העיקרי בפרשה. גנור, איש העסקים ונציג תאגיד טיסנקרופ לשעבר, חשוד כי בעת שתיווך בין עסקאות נהג להעביר כספים שונים לבעלי תפקידים שונים על מנת "לזרז הליכים" ולהטיב עם מושאי העסקה, כדי שהיא תצא לפועל. העבירות המיוחסות לו הן מרמה, הלבנת הון וקשירת קשר לביצוע פשע.
בעקבות עדותו של גנור, בוצעו מעצרים נוספים, בהם של דוד שרן, לשעבר ראש לשכתו של רה"מ בנימין נתניהו.
גורם בכיר בחקירה אמר ל"חדשות": "זו אחת מפרשיות השחיתות החמורות שנחקרו במשטרה על שוחד ומעשי מרמה ברכש הביטחוני של מדינת ישראל, בעשרות מיליוני דולרים"