חוקרים באוניברסיטת תל אביב, בהובלת ד"ר עדי שטרן מהמחלקה למיקרוביולוגיה מולקולרית וביוטכנולוגיה בפקולטה למדעי החיים, ריצפו לראשונה את הגנום של נגיף הקורונה כפי שהוא מופיע בישראל. הריצוף אפשר לחוקרים לזהות מוטציות ספציפיות המעידות על שרשראות הדבקה ועל נתיבי תנועתו של הנגיף מחו"ל לישראל וממקום למקום בתוך המדינה.
המחקר מתבסס על ניתוח רצפים גנומים של מעל 200 חולים בישראל, ועל פריסה גיאוגרפית של בתי החולים בישראל שיחד מהווים מדגם מייצג לכלל האוכלוסייה במדינה. המחקר פורסם באתר medRxiv לצורך שיתוף מידי עם קהיליית המחקר העולמית.
ד"ר עדי שטרן מסבירה שווירוס הקורונה מאופיין בכך שהוא צובר מוטציות בצורה קצובה. מוטציות אלו לא משפיעות על הנגיף (כלומר הוא נשאר יציב והאלימות שלו לא משתנה), אך המוטציות האלו מאפשרות להתחקות אחרי שרשרת ההדבקה ממדינה למדינה. למשל, בתחילת המגיפה בסין נוספה מוטציה אחת עד שתיים.
נגיף עם מוטציה אחת כזו נדד לאירופה וצבר עוד מוטציות, ומשם לארה״ב וכן הלאה. לכן המוטציות מהוות סוג של ברקוד שמאפשר מעקב ממדינה למדינה. במסגרת המחקר החוקרים השוו את הרצפים הגנומים שנמצאו בקרב החולים בישראל ל-4,700 רצפים גנומים ממדינות שונות בעולם וכך התקבלה התמונה המלאה של "שרשרת ההדבקות לתוך ישראל ובתוך ישראל".
70 אחוז מהישראלים נדבקו בנגיף האמריקני
כאמור, מהמחקר עולה שיותר מ-70% מהחולים בישראל נדבקו בנגיף שמקורו בארה"ב, כלומר נשאים שנדבקו בארה"ב "והביאו" איתם את הנגיף לישראל - תוצאה ישירה של עיכוב בסגירת הטיסות והמשך כניסת תיירים ואזרחים למדינה.
כמו כן, כמעט 30% מהחולים משתייכים ל"שרשראות הדבקה" שמקורן במדינות אירופה: בלגיה (כ-8%), צרפת (כ-6%),אנגליה (כ-5%), ספרד (כ-3%) , איטליה (כ-2%), אוסטרליה (כ-2%), פיליפינים (כ-2%),רוסיה (כ-2%). יצוין כי על אף שבכל הרצפים הגנומים מזהים את סין כנקודת הפתיחה, כמעט אין בישראל הדבקות שמקורן בסין או במדינות אסיה האחרות.
התנועה של נגיף הקורונה בתוך מדינת ישראל
בנוסף לכך מספק ריצוף הגנום נתונים מדויקים ואובייקטיביים בנוגע לנדידת נגיף הקורונה בתוך מדינת ישראל. בכך הוא מוסיף נדבך קריטי לחקירה האפידמיולוגית שמתבססת עד עכשיו על תשאול סובייקטיבי של נשאים וחולים – איפה היו ועם מי באו במגע. כך ניתן להפיק מידע אפידמיולוגי רב וחיוני מסוגים שונים: לגלות אחוזי הדבקה במסגרות שונות – במשפחה, בבניין, בבית ספר, בשכונה וכד'.
ניתן גם לאתר בשלב מוקדם מדביקי-על – נשאים שמסיבות שונות נוסעים מעיר לעיר ומדביקים אנשים רבים. כך לדוגמה התגלו נגיפים זהים בדגימות מחולים במקומות מרוחקים זה מזה, כמו טבריה וירושלים – דבר המצביע, ככל הנראה, על נשא שנסע מעיר אחת לשנייה. גילויים אלו חשובים כדי להבין איך הנגיף מתפשט בישראל.
בנוסף, ניתן לזהות אירועים שיצרו הדבקה המונית ולמנוע אירועים דומים בעתיד. לדוגמה, המחקר זיהה צבר של חולים שבהם הגנום היה זהה ב-100%, וחשד אחד אפשרי הוא שזה נבע מחולים שהם ״מדביקי-על״ (super-spreaders״) שתרמו להדבקה המונית. אנחנו משלבים כעת את המידע הזה יחד עם מידע מחקירות אפידמיולוגיות שיאפשר לזהות איפה החולים הללו שהו.
בדרכים אלו ואחרות יכולים הנתונים המדויקים שמתקבלים מריצוף הגנום לשמש בסיס חשוב ביותר לקבלת החלטות נכונה ואיכותית בנוגע לשאלות המעסיקות את כולנו בימים אלה: מתי והיכן להטיל סגר? מתי ניתן לפתוח את השווקים/הקניונים/גני הילדים? כיצד ניתן למנוע את הגל הבא במידה ויבוא? ועוד.
הסגר בישראל עזר לבלימת הקורונה
היבט נוסף של המחקר הוא פיתוחו של מודל מתמטי-סטטיסטי מורכב שמסתמך על ריצופי הגנום כדי להעריך נתונים אפידמיולוגים מהמגפה. ראשית, המודל מראה שמקדם ההדבקה של הנגיף (כלומר מספר החולים שכל חולה הדביק) ירד משמעותית בעקבות הסגר. שנית, המודל הראה שיש שונות גדולה בין חולים במספר האנשים שכל חולה מדביק.
בסופו של יום המודל מעריך שמעל 80% מההדבקות מקורן רק בכ-10% מהחולים או פחות. המשמעות היא שרוב ההדבקות בארץ קרו בגלל ״מדביקי-על״ (super-spreaders). לבסוף, נכון להיום, על סמך המודל והריצוף ניתן להעריך שלא יותר מ-1% מהאוכלוסייה בישראל נדבקו בנגיף, כלומר ישראל רחוקה מאוד מחסינות עדר.
"במחקר שלנו ביצענו לראשונה ריצוף גנומי מאסיבי של נגיף הקורונה בישראל. לטכנולוגיה זו ולמידע שהיא מספקת יש חשיבות רבה להבנת הנגיף ואופן התפשטותו באוכלוסייה, כבסיס מדעי ואובייקטיבי לתהליכי קבלת החלטות ברמה המקומית והארצית״, מציינת ד"ר שטרן.
״הנתונים המתקבלים מהמחקר יכולים לסייע רבות למקבלי ההחלטות בסוגיות כמו הטלת סגר, סגירת גבולות, איתור ובידוד של מדביקי-על, וכד'. בכך תורם המחקר תרומה משמעותית להתמודדות עם מגיפת הקורונה בישראל, ויותר מכך: במחקר זה פיתחנו כלים שיאפשרו לנו להתמודד טוב יותר, בזמן אמיתי, עם ההתפרצות הבאה של הקורונה ו/או עם כל מגיפה אחרת שעלולה להופיע", סיכמה ד״ר שטרן.
