חרף הצהרות הקרן החדשה לישראל, ארגון גג של ארגוני השמאל, שלפיהן היא מתנגדת לפעילות תנועת החרם על ישראל (BDS), נראה כי היא משתפת פעולה עם ארגונים שנויים במחלוקת ופעילי BDS.
לאחרונה הושק על ידי הקרן קמפיין העוסק בזכויות האזרחים להפגנה, והיא אף העלתה אתר בנושא. באתר מסבירה הקרן למפגינים מהן זכויותיהן המשפטיות, מה מותר לבצע בהפגנה, כיצד להתמודד עם שוטרים, סמכויות השוטרים וזכויות של עצירים.
כמו כן, מפנה הקרן באתרה לרשימת ארגוני שמאל היכולים להעניק סיוע. הקרן אף מפרסמת הכשרות בנושא למפגינים המעוניינים בכך. בין השאר, מפנה האתר לסיוע משפטי של עורך דין במקרה של מעצר מטעם ה"קרן למגיני זכויות אדם".
על פי מכון המחקר Ngo Monitor, מנהלת הקרן לזכויות אדם, אלמה ביבלש, היתה פעילה בתנועת "סולידריות שייח ג'ראח" ותומכת בארגון הישראלי "קואליציית נשים לשלום", ממובילי קמפיין ה־BDS. עוד נכתב כי ה"קרן למגיני זכויות אדם" מימנה ייעוץ וייצוג משפטי לפעילים שנעצרו או שהוגשו נגדם כתבי אישום במסגרת ההפגנות האלימות נגד חיילי צה"ל באזור בלעין, ההפגנות האלימות השבועיות בנבי סאלח ובכפרים נוספים בגדה, מאבק למען זכויות הבדואים בנגב ועוד.
ביבלש מתארת את מדינת ישראל בעמוד הפייסבוק שלה כ"גזענית" וכ"רצחנית", כמו גם כ"מדינת אפרטהייד יהודית וזמנית". היא תומכת באופן גלוי בקמפיין ה־BDS ומקדמת את שיח זכות השיבה, "הטומן בחובו את הקריאה לסופה של מדינת ישראל כמדינת הלאום של העם היהודי".
סהר ורדי, חברת דירקטוריון ב"קרן למגיני זכויות אדם", תיארה כך את מטרות ה־BDS: "במונחים של רווח, ההפסדים האמיתיים לא יבואו מחרם על מוצרים אלא ממשיכת השקעות. שם נמצא הכסף הגדול. הדבר האחרון שאומר לגבי תנועת ה־BDS היא שהיא כיפית. הם התחילו לעשות 'פלאש מוב' ופעילויות מגניבות אחרות. זה מאפשר גישה לאנשים שבדרך כלל לא איכפת להם. זה משפיע על חברות ענקיות".
במאי 2015 ורדי חתמה על הצהרה שכותרתה הייתה "מאזרחי ישראל לפיפ"א: תוציאו לישראל כרטיס אדום עכשיו!", שם נאמר ש"אנו אזרחים ישראלים, הפעילים נגד מדיניות הכיבוש והאפרטהייד הגזעניים של ממשלתנו. עכשיו שקונגרס פיפ"א מתכנס, אנו רוצים להבהיר: האפרטהייד הישראלי, כמו גם הדרום־אפריקני בזמנו, אין לו מקום בכדורגל העולמי!".
כמו כן, על פי נתוני Ngo Monitor נכתב כי בשנים 2016-2011 הקרן החדשה לישראל אישרה מענקים בסך 840,620 דולרים לקרן.
מנכ"ל "בצלמו", שי גליק, מסר בתגובה כי "המימון הזר של האיחוד האירופי, ביחד עם ארגוני שמאל קיצוני, שחלקם תומך בחרם נגד ישראל, מוכיח שלהפגנות האלה יש מטרה אחת ברורה - להפיל את ממשלת הימין, ולא שחיתות וזכויות אדם. שוב מוכח שהקרן החדשה חוברת לארגוני שמאל קיצוני ותומכת בחרם על ישראל ובסדנאות צילום, שחלקם התגרות ופרובוקציה נגד חיילי צה"ל בבלעין ונעלין. אני קורא שוב לממשלת ישראל לנתק כל קשר עם הקרן החדשה או מי מארגוניה".
מ"הקרן החדשה לישראל" נמסר בתגובה: "'הקרן למגיני זכויות אדם' הוא ארגון חשוב שמגן על פעילים מזירות שונות ואנו גאים לתמוך בו. אין אנו תומכים בארגון כלשהו בגלל האישיות העומדת בראשו אלא בזכות פעילותו ומטרותיו, וכל עוד הארגון עומד בקווים האדומים שהקרן ניסחה: לא נתמוך בארגונים הקוראים לפגיעה בחיילי צה"ל בארץ או בחו"ל, לא נתמוך בארגונים הקוראים לחרם על מדינת ישראל ולא נתמוך בארגונים הקוראים לסרבנות לגיוס לצה"ל".
