על ההתרגשות שמלווה את החזרה ללימודים מעיבה מדי שנה סוגיית תשלומי ההורים שגובים בתי הספר. רבים מהם טוענים כי התשלומים גבוהים מדי וכי חוק חינוך חינם נותר בגדר סיסמה ריקה מתוכן. נתונים שהגיעו לידי "ישראל היום" מראים כי בחלק מהמקרים התלונות אכן מוצדקות, וכי יש מנהלים שהרשו לעצמם לגבות תשלומים מופרזים עוד יותר מהסכום המירבי שקבעה ועדת החינוך.
בשנת הלימודים האחרונה, תשע"ז, טיפלו במשרד החינוך ב־29 מקרים שבהם הורים התלוננו על גביית תשלומים שלא כדין. 21 מהתלונות נמצאו מוצדקות - ובתי הספר נאלצו להשיב את הכספים להורים או להסדיר את החזרת הכסף באופן מדורג. בשנת הלימודים תשע"ו מצא אגף האכיפה עוד יותר מקרים של דרישות תשלומים מופרזות מההורים: 23 תלונות על גביית תשלומי הורים שלא כדין התקבלו - וכולן נמצאו מוצדקות והכסף הושב להורים.
בדו"חות של מינהל בקרה ואכיפה, בראשות גור רוזנבלט, הופיעה תלונתם של הורים לתלמידים באחת מרשתות החינוך המוכרות, שלפיה גובה התשלומים המבוקש חרג מהנחיית המשרד. התלונה נמצאה מוצדקת והרשת נדרשה להחזיר להורים סכום כולל של 257,805 שקלים. בעקבות תלונה אחרת שנרשמה בדו"ח נמצא כי בית ספר גבה 2,200 שקלים עבור מגמת תקשורת בכיתה י"ב, בעוד הסכום המאושר לגבייה עומד על 750 שקלים בלבד. הנהלת בית הספר נדרשה להשיב את הסכום שנגבה. במקרה אחר התקבלה תלונה כי בית ספר גובה תשלום מההורים, בניגוד לחוק, עבור פיצולי כיתות ויום טיול נוסף. גם תלונה זו נמצאה מוצדקת והנהלת בית הספר נדרשה לחדול מהגבייה החריגה ולהשיב לכל הורה 830 שקלים.
לדברי מנכ"ל משרד החינוך, שמואל אבואב, "אנחנו רואים כי במהלך השנים האחרונות חלה ירידה בשיעור בתיה"ס הגובים תשלומים אסורים, בשל שורה של מהלכים אשר ננקטו - הסדרה של תשלומים בבתי ספר ייחודיים, הגברה של מערך הפיקוח והאכיפה והרחבה של מערך השקיפות כדי לאפשר להורים לדעת מהם הסכומים המותרים לגבייה ובעבור אילו שירותים הם משלמים".
יו"ר איגוד מנהלי מחלקות לחינוך ברשויות המקומיות, אבי קמינסקי, הוסיף: "יש להפעיל מנגנון גבייה חיצוני באמצעות הביטוח הלאומי, כפי שהוצע בעבר, ויועבר על פי מפתח ידוע מראש לבתי הספר, דבר שימנע אי נוחות בין ההורים לבתי הספר".