לציון 40 שנה למבצע אנטבה, השתתפו 35 מלוחמי סיירת מטכ"ל בכתיבת ספר ובו עדויות אישיות על המבצע. הספר ראה אור בהוצאת "המרכז למורשת המודיעין".
הספר, "מבצע יונתן בגוף ראשון" שמו, מבהיר כבר בכריכתו: "לב ליבו של המבצע הוטל על ה'יחידה'. מפקד היחידה היה סא"ל יוני נתניהו, לפיכך האחריות למימוש המשימה היתה עליו". בפנייה אל הקוראים מורגש כי הלוחמים לשעבר ביחידה מקדישים את הספר לזכר מפקדם, שנהרג בעת המבצע. "יונתן נתניהו. בן שלושים במותו. לא זכה לספר את סיפורו", הם משפטי הפתיחה בספר.
על פי הטקסט, "יוני קבע את מבנה הכוח ואיושו, אישר לכל אחד ממפקדי החוליות את התוכנית ונתן את פקודת המבצע. הכוח הצטוות, התארגן, הצטייד, התאמן והתאים את התוכני מחדש לפי לקחי האימונים - הכל תחת פיקודו". עוד נכתב כי יוני ז"ל "הציג למפקד המבצע דן שומרון ולרמטכ"ל מוטה גור, שנכחו באימונים האחרונים, את תוכנית הביצוע ונטע בהם ובשר הביטחון את האמון ביכולתה של היחידה להרוג את המחבלים ולשחרר את החטופים. לאמון זה ביכולת היחידה ומפקדה היה חלק גדול באישור המבצע".
עוד מספרים העורכים כי יוני נתניהו "הוביל את הכוח אל הטרמינל והחליט - ולדעת רובנו, בצדק - לחסל את השומרים האוגנדים שעמדו בדרכנו. יוני נע בראש הכוח אל המבנה, נתן את פקודת ההסתערות, דירבן כאשר הבחין בעיכוב, הספיק כנראה לראות את ראשוני לוחמיו נכנסים אל המבנה, והסתער בעצמו עד שנפל".
עורכי הספר מנסים לדמיין את התחקיר המבצעי לאחר החזרה לארץ ומה יוני נתניהו ז"ל היה אומר בו. "אין לנו ספק שהיה עורך תחקיר מבצעי פנימי של היחידה ודואג לתת במה ראויה לכל אחד מהלוחמים ואנשי המטה שהיו מעורבים במבצע", העריכו, "ככה עושים תחקיר ביחידה. עולים אחד־אחד על הבמה ומדווחים על האירועים בלי הנחות ובלי רצון לשפץ את העובדות - הכל במטרה להגיע מוכנים וטובים יותר לפעם הבאה... הוא היה מודה לאנשי המטרה והמינהלה על מעשיהם בשלב ההכנות, מהלל את הלוחמים וגם לא היה חוסך ביקורת מבצעית ממי שצריך. כזה הוא היה - מפקד קרבי עתיד ניסיון, תובעני, דקדקן, משקיע כל כולו במשימה ונע בראש לוחמיו, עד שכדור האויב עצר אותו".
