שנים ארוכות לפני שתצא לדרך, מבקר המדינה יוסף שפירא מצא ליקויים משמעותיים בחברת נתיבי תחבורה עירוניים להסעת המונים בע"מ (נת"ע), המקימה את פרוייקט הרכבת הקלה בגוש דן, בניהול הרכש והמכרזים ובגיוס כוח אדם. כך קובע דוח מבקר המדינה. על פי המבקר "מן הראוי שמשרדי התחבורה והאוצר יפקחו באופן הדוק יותר על פעילות החברה ועל ביצועיה".
משרד המבקר בדק בחודשים יוני 2013 עד ינואר 2014 את ניהול הרכש ואת גיוס כוח האדם בנת"ע שהוקמה בשנת 1997 כחברה בבעלות ממשלתית, אך רק בשנת 2010 הטילה הממשלה על החברה לקדם את הפרוייקט בעלות של 14 מיליארד שקלים לאחר ביטול פעולות של זכיינים אחרים שלא עמדו במועדים. על פי הדוח, על נת"ע כחברה ממשלתית חלים בין היתר חוק חובת המכרזים, כמו כן, חובה על הדירקטוריון של חברה ממשלתית לקבוע מדי שנה את תקן עובדי החברה והמועסקים בשירותה; את אופן בחירת הפקידים הבכירים; ואת אופן בחירת שאר עובדי החברה ותנאי כשירותם.
נמצא שלמרות שהיקף פעילות הרכש של נת"ע מגיע למאות מיליוני שקלים בשנה, רק ארבע מ-12 המשרות התקניות של אגף רכש ומכרזים מאוישות (כ-33% בלבד). בין המשרות הלא מאוישות נמצאות המשרות של מנהל אגף הרכש, מנהל מגה-מכרזים וראשי תחום חוזים ומגה-מכרזים. הרכש בנת"ע אינו מנוהל על ידי אגף הרכש, אשר אמור להיות המומחה לנושא, אלא מנוהל באופן מבוזר על ידי הגורם בנת"ע שיזם את הרכש, דבר שאינו תקין ופוגע בסדרי בקרה פנימיים. המבקר קובע כי ניהול הרכש שלא באמצעות אגף הרכש, אינו יעיל, מבזבז משאבים ופוגע בבקרה הפנימית ובעיקרון של הפרדת תפקידים, המיועד לצמצם טעויות ולמנוע פגיעה בטוהר המידות.
עוד מצא המבקר כי עבודות נמסרו בחלק מהמיקרים לקבלנים ללא מכרז, מכרזים לא תכוננו במלואם, קבלנים שהתקבלו לא עמדו בתנאי הסף המלאים, כן התגלו כשלי ביצוע בעבודות של קבלנים שקיבלו על עבודתם עשרות מיליוני שקלים. אם לא די בכך פרויקטים גדולים בהיקף של מעל 300 מילוני שקלים שהחלו בשנת 2011 ואמורים היו מושלמים כשנה לאחר מכן נמשכים עד היום.
מהחברה נמסר בתגובה: "לפני כחצי שנה עברה נת"ע מהפך ארגוני, כולל מינוי מנכ"ל חדש והחלפת רוב ההנהלה הבכירה. זאת על מנת שהחברה תוכל לעמוד באתגר העומד בפניה – ביצוע פרויקט התשתית הגדול ביותר שנעשה אי פעם בישראל – פרויקט הדגל של המדינה - הקמת מערכת תחבורה המושתת על רכבת קלה ותחתית במטרופולין גוש דן . מערכת שתשפר באופן קיצוני את חייהם של אזרחי המדינה. נת"ע רואה חשיבות רבה בדו"ח המבקר ובמוסד הביקורת, ומאחר והדו"ח עוסק בתקופה שקדמה למינוי המנכ"ל והצוות הבכיר החדש, החברה כבר שינתה באופן ממשי את דפוסי פעולתה והתנהלותה. בד בבד, נת"ע פעלה ופועלת לתיקון הליקויים עליהם הצביע המבקר, תוך שהקשתה על עצמה ביישום כללי מנהל תקין מחמירים וקפדניים, כפי שמצופה מחברה ממשלתית ציבורית שבפניה משימה לאומית אדירת ממדים".
ממשרד התחבורה נמסר בתגובה:" המשרד הקים לפני כשנה וחצי, לראשונה בתולדותיו, אגף רגולציה ובטיחות שנועד לבקר את פעילות הרכבת ולהסדיר את פעילותה".
